生物工程学科为校“246X工程”优势学科。针对生物工程学科的特点和发展趋势，围绕区域经济社会发展和战略性新兴产业需要，学科重点围绕生物材料与药物、生物质能源、合成生物学、食品生物技术等4个学科方向开展研究工作。

学科团队共有40人，其中教授7人、副教授16人，硕士生导师24人，博士化率达95%。拥有省高等学校优秀科技创新团队1个，省“333工程”培养对象1人，省“六大人才高峰”高层次人才7人，省高校“青蓝工程”学术带头人2人，省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师4人，省“双创计划”博士3人和省“双创计划”科技副总7人。

学科拥有江苏省生物质转化与过程集成工程实验室、江苏省高校益生制剂重点建设实验室、江苏省生物工程学科综合训练中心、江苏省植物生产与加工实践教育中心等4个省级教学科研平台。

学科及其相关支撑学科先后承担国家级项目19项，省级项目30余项，年均获得400余万元科研经费。发表SCI/EI论文110余篇，获授权发明专利50余项，成果转化及推广25项。获国家、省及市厅级以上科技进步奖10余项，已成为地方相关产业科技创新的主力军。