生命科学与食品工程学院源于1964年创办的国营东辛农场半农半读农业大学（东辛农大）；2000年四校合并组建淮阴工学院，成立农业工程与食品工程系、生物工程与化学工程系；2015年学科布局调整，设立生命科学与食品工程学院；2024年与淮安市农科院共建淮阴工学院农学院，与生科学院一体化运行。学院一直秉承“艰苦奋斗、勇于奉献、开拓创新”的农垦精神，坚持以服务地方产业发展为己任。经过多年的建设，已发展成为以农学为特色、以食品和生物为支撑的农工结合学科体系。

学院现有国家一流本科专业1个（食品科学与工程）、国家级特色专业建设点1个（生物工程）、国家首批卓越农林人才培养教育改革试点专业3个（食品科学与工程、农学、园艺）、中国工程教育专业认证专业2个（食品科学与工程、生物工程）、江苏省品牌专业三期专业1个（食品科学与工程）、江苏省一流本科专业4个（生物工程、农学、食品科学与工程、园艺）及江苏省重点专业类专业3个（生物工程、食品科学与工程、食品质量与安全）、江苏省产教融合型品牌专业1个（食品科学与工程）。

学院现设有7个本科专业，农业、生物与医药2个专业硕士授权点。普通全日制本科生在校生1700余人、硕士研究生200余人、留学生（研究生）12人。学院拥有一支治学严谨、素质优良的师资队伍，现有教职工105人，专任教师90人，其中教授18人、副教授35人、研究生导师50人，具有博士学位教师70余人。拥有省高等学校优秀科技创新团队1个、国家科技部科技创业链首席专家1人、省教学名师1人，省“333工程”二、三层次培养对象、省“六大人才高峰”高层次人才、省高校“青蓝工程”学术带头人等省级以上人才30余人。

学院现有省“十四五”重点学科1个（作物学），ESI全球排名前1%学科1个（环境与生态学），软科世界一流学科1个（生物工程）。学院拥有5个省级教学科研平台。近年来，先后承担国家、省各类科研项目200余项，其中国家自然科学基金35项，国家星火计划2项，全国重大农业技术协同推广试点项目1项，省级项目80余项，科研到款额上亿元；发表SCI、EI论文500余篇，授权发明专利100余件、成果转化60余件，制定国家、地方等行业标准11项；获江苏省科学技术一、二等奖等各类省部级以上科技奖励15项；农业成果累计推广面积达300余万公顷，培训农技人才12000余人次，增加农业产值超过90亿元。

学院坚持立德树人根本任务，围绕学科专业一体化建设、教学科研协同创新育人的思路积极开展一流人才培养，全面提升学生的科研素养、创新创业能力与社会服务水平，培养“一专多能”的优秀人才。先后获国家级教学成果二等奖1项，省教学成果一等奖2项、二等奖1项。积极组织学生参加各类学科竞赛和创新创业比赛，实现大学生创新创业训练计划全覆盖。获得国家级创新创业奖项60余项、省级90余项，其中“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛“秦创原”创新挑战赛金奖1项，“挑战杯”创业计划竞赛国赛铜奖1项，“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛揭榜挂帅专项赛三等奖1项， “互联网+”创新创业比赛国赛三等奖1项。近五年平均考研录取率达35%以上。就业意向落实率达96%以上，为企事业单位、政府机关输送了大量高素质人才，获得用人单位高度评价。